“十五”期间，广州市水运运力结构更趋合理，发展前景良好的集装箱船数量大大增加。截至2003年底，广州市民用运输船舶拥有量为5707艘，载客量5431客位，净载重量23592万吨，总功率1610503千瓦；其中交通系统水路货运总量9291.61万吨，货物周转量21624174万吨，远洋货运量2824.07万吨、海运货运量4181.58万吨、内河货运量2285.96万吨；远洋货物周转量12752726万吨公里、海运货物周转量8626437万吨公里、内河货物周转量245011万吨公里。
    2003年，广州市港口码头总长度达6518米，泊位数1235个，万吨级以上泊位数49个，总面积2973110平方米。广州港是华南地区最大的枢纽港，也是该地区最大的对外贸易口岸，所管辖岸线长达4.1657公里，出海航道115公里，3.5万吨级船舶及第三、四代集装箱船舶可以乘潮进出。
广州港是华南地区综合性主枢纽港。2004年，广州港现有码头泊位557个，万吨级以上泊位39个；万吨级以上装卸作业浮筒13个；万吨级装卸锚地23个，其中最大锚泊能力30万吨；广州港货物吞吐量持续增长。1999年全港货物吞吐量突破1亿吨，成为中国大陆第二个跨入世界亿吨大港的港口。之后，港口发展一年一大步，到2004年吞吐量达到2.1亿吨，是1995年的2.9倍，全港集装箱吞吐量330万标准箱，是1995年的6.4倍，港口货物吞吐量居世界十大港口第八位。2004年广州港集团货物吞吐量1.38亿吨，集装箱吞吐量213.6万标准箱。广州电子口岸和南沙港区口岸也已建成开通。